El año 1532 llegaron los franciscanos al Perú y pocos años más tarde se encuentran en el Alto Perú, hoy Bolivia. El año 1540 los encontramos en Sucre al ser fundada la ciudad de Charcas por Pedro de Anzúrez.

El año 1553 los Franciscanos formaron la Provincia de los 12 Apóstoles, que abarcaba toda Sud América. El año 1540 se erige el convento de San Francisco de Chuquisaca y en 1547 se erige San Antonio de Potosí; en 1548, Nuestra Señora de los Ángeles de La Paz.

El año 1565 la Provincia de los 12 apóstoles es dividida por el Capítulo celebrado en Valladolid (España), y de ella nace la gloriosa Provincia de San Antonio de los Charcas. Siguen las fundaciones del convento de San Francisco de Pocona, 1577; San Francisco de Cochabamba. 1581; Nuestra Señora de los Ángeles de Mizque, 1660; Santa Ana de Chuquisaca, 1600; Nuestra Señora de Guadalupe de Oruro, 1606; y nuestra Señora de los Ángeles de Tarija, 1606.

Los Franciscanos eran gobernados por una sola autoridad, el Provincial de San Antonio de los Charcas, hasta el año 1755, en que fue fundado el Primer Colegio de Propaganda Fide en Tarija. Este Convento tuvo, desde ese momento, un régimen especial que le concedía la Santa Sede. A este Colegio se asoció en 1796 el Colegio de Tarata; en 1835 el Colegio de La Paz, Recoleta; en 1837 el Colegio de Sucre, Recoleta, y en 1853 el Colegio de Potosí. Fueron cinco los Colegios de Propaganda Fide que gozaban de una autoridad independiente de la Provincia de San Antonio de los Charcas. Estos Colegios operaban con una eficaz presencia en las ciudades y el campo; unían actividad urbana y presencia misionera amalgamando las varias facetas de Bolivia. Resultaron las actividades más diversas: exploradores, entendidos en universos indigenales, escritores, apologetas e historiadores.

Los Colegios de Propaganda Fide cerraron su labor especifica con la asunción de los Vicariatos. Así, los Colegios de La Paz y Sucre se organizaron en el Vicariato del Beni; el de Tarata en el Vicariato de Chiquitos, y los de Tarija y Potosí en el Vicariato del Gran Chaco. Los primeros Vicariatos han sido: el de Beni, 1917; el del Gran Chaco, 1919, y el de Chiquitos, (hoy Diócesis) 1930. Los más recientes: Ñuflo de Chávez, 1951: Coroico, 1958; (hoy Diócesis) y la Prelatura de Aiquile, 1961.

El año 1971 nació la Federación Franciscana Boliviana con la finalidad de formar una sola Provincia en Bolivia que integrará a todos los Franciscanos que trabajarán en este país.

• Fr. Buenaventura Rodríguez – 1971-1974
• Fr. Martín Bednar – 1974-1977
• Fr. Luis Sáinz – 1977-1979
• Fr. Jesús Pérez – 1979-1984

Por decreto del Ministro General, Fr. Juan Vaughn, dado en Roma el 6 de junio, en ceremonia solemne, presidida por el Ministro General, fue erigida el 16 de Julio de 1984 la Vicaria Misionera de San Antonio en Bolivia en la ciudad de Cochabamba. El primer Vicario, nominado por el Ministro General de la Orden, fue Fr. Miguel Brems.

Del 14 al 25 de Julio de 1987 se celebró el Primer Capítulo de la Vicaría, siendo reelegido para el oficio de Vicario Fr. Miguel Brems, ofm, de nacionalidad alemana.

EI 17 de Septiembre de 1987 entraron en vigor las nuevas Constituciones Generales de la Orden y, con ello, la Vicaría pasó a llamarse "Viceprovincia", y el Vicario "Provincial".

Del 16 al 25 de Julio de 1990 se realizó el primer Capítulo de la Viceprovincia y fue elegido para el oficio de Provincial Fr. Miguel Brems.

Del 8 al 16 de Julio de 1993 se llevó a cabo el primer Capítulo de la nueva Provincia Misionera San Antonio; Provincia, ya que el día 8, al comenzar el Capítulo, se promulgó el decreto del Ministro General mediante el cual la Viceprovincia pasaba a ser Provincia.

Durante este Capítulo el 14 de julio de 1993, fue elegido Ministro Provincia! Fr. Carlos Folgado, ofm, de nacionalidad española.

Durante el Capítulo Provincial realizado el 13 al 20 de julio de 1999 y, después de 6 años de gobierno de Fr. Carlos Folgado, ofm se llevó a cabo el segundo Capítulo Provincial de la Provincia Misionera San Antonio, después de su erección como Provincia; fue elegido Ministro Provincial, Fr. René Vargas Galeán, ofm, primer Provinvial boliviano que conducirá la marcha de la Provincia durante el sexenio de 1999 a 2005.

Del 13 al 20 de junio del año 2005, en la cuidad de Santa Cruz de la Sierra, se llevó a cabo el tercer capítulo electivo de la Provincia. La votación de los capitulares favoreció a Fr. Martín Sappl Seibold, de procedencia alemana, quien estará a la cabeza del gobierno provincial durante los años 2005-2011.